Já vi que esse assunto vai dar pano para manga
Melekh. É bom salientar que dos mapas postados por você, o penúltimo onde mostra o círculo da estação Benfica, refere-se à estação da E.F.Rio D'ouro localizada próxima a Rua Pref. Olimpio de Melo.
A parada Benfica, objeto desse tópico ficava a esquerda fora do círculo onde há um desvio para a E.F.Norte. A parada Bemfica, da E.F.Norte ficava no exato ponto do cruzamento das E.F.Rio D'ouro e E.F.Norte e não está indicada nesse mapa.
Para evitar confusões, convencionamos escrever Bemfica (com "m") em referência à parada da E.F.Norte e Benfica (com "n") em relação à estação da Rio D'ouro, a qual também escrevemos Benfica/Alegria, apesar do mapa postado por você mostrar a estação da Rio D'ouro escrita com "m".
Dado e Melekh. É estranho, pois no viaduto do Arará existem 3 arcos naquele ponto, estando de costas para Del Castilho, o que está mais a direita, parece ser o que possuia o ramal militar, mas o mapa postado por você (Dado) indica um ramal se afastando da linha tronco até cruzar com a Suburbana em quase 90º. Esse ângulo justificaria até o arco do lado direito (costas para D.Castilho) com a linha, mas a pergunta do Melekh foi em relação ao arco esquerdo.
Passa a impressão que em algum momento existia um pátio maior ali e não somente um ramal ou uma previsão para a passagem de outra linha, ou até o que é mais provável que o arco do lado esquerdo (mais estreito) não passasse sobre linha ferroviária.
Agora, o que você falou dá pano para manga. Imaginar que em 1939 os engenheiros tinham a noção que ali seria construído um viaduto mais de 25 anos depois, nos faz pensar em 2 vertentes.
1) O projeto do viaduto atrasou muito.
2) O arco central do viaduto da ferrovia tinha o objetivo de passar sobre outra rua ou avenida a ser aberta paralela à linha e os engenheiros, construtores do viaduto de Benfica, tiveram que "improvisar" um caminho para ser centralizado nesse vão central do viaduto ferroviário de Arará.