Olha, o meu palpite é baseado no mapa de 1900 postado acima, sobre o qual inclusive eu mencionei algo sobre o pátio.
Parece que havia linha dos 2 lados da estação, mas a do lado direito (sentido Capão do Bispo), a linha não continuava (se o mapa estiver certo!), pois naquele ponto era um desvio a partir da linha tronco para as Oficinas a partir de Capão.
Sendo assim, a linha principal era do lado esquerdo (com a referência de costas para Pilares e frente para Capão do Bispo).
O que parece é que houve já a partir dessas obras que estamos vendo nas fotos um alargamento da Suburbana na calçada voltada para as oficinas. Repare que na aero de 1928, a estação está bem para dentro da calçada, ao passo que nos mapas da SMU, a estação já aparece "dentro" da Suburbana, no até então o que era apenas um projeto de alargamento.
Mantenho o palpite de quando a Rua Henrique Scheid foi aberta, a estação foi demolida.
Vamos inverter as referências agora. Baseado no mapa de 1900, imagino que a linha do lado direito da estação de J.Reis (sentido Pilares); mas próxima ao lado esquerdo da calçada da suburbana do lado esquerdo; ia tomando o centro da via a medida que ia se aproximando de Pilares e deveria estar quase do lado direito, pois ali já era próximo a atual J.Ribeiro, onde a linha seguia mais pelo lado direito (sentido Boca do Mato).
Imagino que na época da linha, a Suburbana tinha apenas a largura do atual canteiro central até a calçada voltada para a linha auxiliar, então a minha explicação (palpite) com base no mapa de 1900 tem essa largura como referência.

Tomara que o excesso de explicação não tenha deixado tudo confuso
